قامت قوات الأمن بالقبض على رفيدة إبراهيم وأخريات بعد تظاهرات جامعة الأزهر بنات مدينة نصر يوم 24 ديسمبر 2013 وتم إقتيادهن إلى قسم ثان مدينة نصر. تم عرضهن على النيابة والتحقيق معهن في القضية رقم 7332 لسنة 2013 جنح ثان مدينة نصر وصدر قرار بحبسهن على ذمة التحقيقات. ظل يجدد لهن إلى ان حكم عليها في 24 فبراير 2014 بالسجن 5 سنوات وغرامة 100 ألف جنيه، وتم تأييد الحكم في 23 نوفمبر 2014. ظلت سجينة مابين سجن القناطر وسجن دمنهور إلى ان حصلت على البراءة في النقض في 28 ديسمبر 2016.
انتهاكات تعرضت لها:
-في قسم تان مدينة نصر كان عدد المحتجزات في الزنزانة الواحدة كبير ولم تستطع رقيدة النوم بسبب عدم وجود أماكن الا للوقوف داخل الزنزانة -في سجن دمنهور كانت الزنزانة مليئة بالصراصير والحشرات، والفئران.
-أصيبت بحساسية في الصدر , كما عانت من آلام في ظهرها استمرت معها منذ أن تم التعدي عليها في القناطر، وأصيبت كذلك بحساسية جلدية “جرب” بسبب سوء مكان الاحتجاز بدمنهور.
-وضعت مع الجنائيات في زنزانة واحدة، حيث كانت الجنائيات تقمن بتدخين السجائر و تعاطي المخدرات مما أثر بشدة على تنفسها -تم ترحيلها حافية القدمين، وبدون ارتدائها لحجابها، وبارتداء جلباب واحد خفيف لا يستر إلى سجن دمنهور.
-في سجن دمنهور، تم حبسها مع جنائيات، وكانت كل يوم تعاني من التعذيب النفسي، بسبب خروج احدى الجنائيات للإعدام أمامها.
-في يونيو 2015 اعتدى عدد من السجانات والمتهمات الجنائيات وأفراد من أمن سجن القناطر على مجموعة أسماءحمدي ، سجانة تدعى سيدة إعتدت بالضرب على إحدى الطالبات ما أدى لإشتباك الطالبات معها لفظيا، فتدخلت الجنائيات وإعتدوا عليهن بالضرب أمام مأمور السجن، وبعد 4 ساعات إعتدى أفراد من الأمن والسجانات عليهن بالعصي إضافة للإهانات اللفظية، وفي اليوم التالي إعتدى أحد الضباط على الطالبة هنادي بـ«بوكس» في جنبها، ما أدى لوجود كدمات شديدة في الضلوع.، نتيجة هذه الاعتداءات كانت نزيف في الرحم وأنهيار عصبي وإغماءات من الضرب على الرأس وكدمات متفرقة في أنحاء الجسم.
-رفعت أسرة رفيدة قضية تظلم ودعوى لتكمل إمتحاناتها بالرغم من ضياع كتبها في سجن القناطر بعد تعرضها للضرب، وشراء أسرتها كتبا لها مرة ثانية، إلا أن إدارة السجن رفضت ذلك .