قامت قوات الأمن بالقبض على عفاف أحمد وأخريات بعد تظاهرات جامعة الأزهر بنات مدينة نصر يوم 24 ديسمبر 2013 وتم إقتيادهن إلى قسم ثان مدينة نصر. تم عرضهن على النيابة والتحقيق معهن في القضية رقم 7332 لسنة 2013 جنح ثان مدينة نصر وصدر قرار بحبسهن على ذمة التحقيقات. ظل يجدد لهن إلى ان حكم عليها في 24 فبراير 2014 بالسجن 5 سنوات وغرامة 100 ألف جنيه، وتم تأييد الحكم في 23 نوفمبر 2014. ظلت سجينة مابين سجن القناطر وسجن دمنهور إلى ان حصلت على البراءة في النقض في 28 ديسمبر 2016.
انتهاكات تعرضت لها:
-تعرضت للضرب والسب في قسم شرطة ثان مدينة نصر.
-تدهورت حالتها الصحية وأصبحت تصاب بالهبوط بشكل دائم كما أصيبت بالضغط وتعاني دائما من مغص وآلام في البطن.
-في يونيو 2015 إعتدي عدد من السجانات والمتهمات الجنائيات وأفراد من أمن سجن القناطر على مجموعة أسماء حمدي ، سجانة تدعى سيدة إعتدت بالضرب على إحدى الطالبات ما أدى لإشتباك الطالبات معها لفظيا، فتدخلت الجنائيات وإعتدوا عليهن بالضرب أمام مأمور السجن، وبعد 4 ساعات إعتدى أفراد من الأمن والسجانات عليهن بالعصي إضافة للإهانات اللفظية، وفي اليوم التالي إعتدي أحد الضباط على الطالبة هنادي بـ«بوكس» في جنبها، ما أدى لوجود كدمات شديدة في الضلوع.، نتيجة هذه الاعتداءات كانت نزيف في الرحم وانهيار عصبي وإغماءات من الضرب على الرأس وكدمات متفرقة في أنحاء الجسم.
-تم ترحيلها إلى سجن دمنهور، وكانت الزنزانة مليئة بالصراصير والحشرات، والفئران.