تم القبض على محمد مصطفى اثناء احداث مسجد الفتح بميدان رمسيس بالقاهرة يوم 16 اغسطس 2013 و حبس على ذمة القضية رقم 8615 لسنة 2013 إداري الازبكية بتهم قتل وشروع في قتل وبلطجة وحيازة سلاح وتخريب ممتلكات وإنضمام الى عصابة مسلحة وتعدي علي الأمن.
حكم عليه في 18 سبتمبر 2017 بالسجن المشدد 5 سنوات.