ألقي القبض على يوسف أحمد في 30 أكتوبر 2013 اثناء احداث جامعة الازهر من أمام جامعة الأزهر و تم حبسه على ذمة القضية رقم 5844 لسنة 2013 جنح ان مدينة نصر بتهمة ارتكابهم جرائم التجمهر واستعراض القوة والعنف ضد المواطنين والإعتداء على العاملين بالأزهر، وكذلك تخريب المبنى الإداري بالجامعة لإشاعة الفوضى .
حكم عليه في 21 يونيو 2014 بالسجن 3 سنوات.