ألقي القبض على أحمد يونس يوم 16 يناير 2014 خلال احداث جامعة القاهرة بمترو الجامعة في الجيزة و حبس بسجن وادي النطرون على ذمة القضية رقم 569 لسنة 2014 إداري قسم الجيزة بتهم الإنضمام لجماعة أُسست على خلاف أحكام القانون، التظاهر بدون إخطار، التجمهر، مقاومة السلطات، استعمال القوة والعنف مع موظفين عموميين، استعراض القوة والتلويح بالعنف.
حصل على قرار بالافراج من النائب العام في 17 سبتمبر 2014.