قبض على السيدة رفاعي تعسفياً من الشارع في 3 يناير 2014، في الأحداث المعروفة بـ (أحداث مدينة السيوف) ،عقب فض القوات الأمنية لمظاهرة كانت في أحد شوارع المدينة في ذاك الوقت ووجهت لها تهم قتل الحاجة زينب وحرق بوكس وإثارة الشغب والبلطجة في القضية رقم 76 لسنة 2014 إداري ثان الرمل وأمرت النيابة بحبسها على ذمة التحقيقات ورحلت لسجن دمنهور العمومي. تم إحالة القضية في 24 ديسمبر 2014 وخرجت في العفو الرئاسي في 23 سبتمبر 2015.